Auf der Westseite erfolgte am 29.August 1430 die Grundsteinlegung. Die Türme diensten im Kriegsfall sogar als Zufluchtsstätte.

Nach fast 120 Jahren Bauunterbrechung wurden gegen 1550 die beiden Turmhauben aufgesetzt.
Das Eingangsportal der Vorhalle ist in Backsteingotik errichtet worden und reich mit Reliefs und Heiligenfiguren verziert.

Die Innenausstattung besteht auf Grund der langen Bauzeit aus Elementen der Spätgotik, der Renaissance und des Barock aus dem 17. Jahrhundert.

Im Chorraum befindet sich der Hochaltar aus dem Jahr 1664 mit den lebensgroßen Figuren, z. B. Moses und Johannes dem Täufer. Er ist der Namensgeber der Kirche.

Der Hochaltar mit dem Stadtwappen von Groß Salze und des Erzbischofs von Magdeburg sowie die Evangelisten-Figuren wurden von den Bildhauern Gießgaß aus Magdeburg, Schorigus aus Braunschweig und dem Kunstmaler Schröder aus Wittenberg geschaffen.

Das Besondere für eine evangelische Kirche ist, dass es zwei Beichtstühle jeweils links und und rechts vom Altar gibt. So konnten zwei 'Sünder' gleichzeitig die Beichte ablegen.

Prächtig verzierte Logen, Gestühl genannt, wurden 1680 für die adligen Magistrats- und Ratsherren eingebaut. Die darauf befindlichen Sprüche wiesen auf das Amt und die Würde der Inhaber hin. 

Die älteste der ehemals 4 Bronzeglocken wurde um 1275 gegossen, als es die Pfännerkirche noch gar nicht gab. Sie gehörte zum Geläut der Dorfkirche von Esterhusen. Nachdem diese Kirche Baufällig wurde, kam sie nach Groß-Salze.

Ein Großteil der Inneneinrichtung der Spätgotischen Hallenkirche wurde bei einem Brand im Jahr 1635 wärend des Dreißigjährigen Krieges zerstört. Bis heute sind noch die beiden 'Schüleremporen' und das wertvolle Altar-Kruzifix von 1550 erhalten geblieben. Durch den Brand war nicht nur das Kirchendach, sondern auch die Holzkonstruktionen in den Türmen betroffen, so dass die Glocken herunterfielen. Das Satteldach konnte erst 1646 wiederaufgebaut werden. Die Neugestaltung erfolge nun in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts im Barockstil.

Die Chorschranke entstand 1682 und ist ein Schnitzwerk von Tobias Wilhelmi aus Magdeburg.

Erhalten geblieben sind Wappen und Totengedenktafeln (Epitaphien) der einflussreichen adligen Pfännerfamilien die sich für das Salzwerk und den Wohlstand der Stadt verdient gemacht haben.
Die Familie von Esebeck verdient für die Ausgestaltung der Kirche besondere Erwähnung.

Ebenso erwähnenswert ist die Barockkanzel. Sie wurde 1678 von dem Hallenser Bildhauer Maximilian Dreißigmark geschaffen. Der Fuß ist als Palmenwedel gestaltet, der Aufgang zeigt Bilder aus dem Leben Christi sowie Apostelfiguren als Märtyrer. Auf dem Schalldeckel steht ein Posaunenengel und eine Taube aus Symbol des Heiligen Geistes.

Ein weiteres wertvolles Inventar der Johanneskirche ist ein Kruzifix aus dem Jahr um 1550.
Es stand wahrscheinlich einmal auf dem Altar.

Mit der Schaffung der Königlichen Saline ging die Salzgewinnung durch die Pfänner dem Ende entgegen. Die Saline produzierte das Salz kostengünstiger als die Pfänner. Damit verlor auch die 'Pfännerkirche' im mehr an Bedeutung und es begann der schleichende Verfall der Ausstattung.

Die letzte umfassende Renovierung erfolgte im Jahr 1891. Die Orgel vom Orgelbauer Wilhelm Rühlmann wurde im Jahr 1914 eingebaut, Sie verfügt über 45 Register auf drei Manualen und Pedal. Mit kirchlichen und staatlichen Mittel begann seit 1981 ein umfassendes 'Wiederherstellungsprogramm' unter der heutigen Leitung das Kirchbauvereins Schönebeck-Salzelmen. 2002 wurde die Orgel von W. Sauer Orgelbau aus Frankfurt Oder restauriert.

Über eine Besonderheit möchten wir gerne noch berichten.
"Eine Chronik berichtet, dass die Türme doppelt so hoch werden sollten, höher als die des Magdeburger Doms. Aber der Erzbischof aus Magdeburg soll sein Veto eingelegt haben. Die Türme durften danach höchstens halb so hoch werden wie die der Bischofskathedrale. So blieben sie auch lange unvollendet und erst später (um 1550) setzte man die Renaissancespitzen auf. Die Türme erhielten so eine Höhe von 52 Meter. In den Pyramiden befinden sich zum Teil sehr gut erhaltene Räume der ehemaligen Türmerwohnung, die bis zum Jahre 1901 von einem Turmwächter besetzt war. Dort wurde inzwischen ein kleines Turmmuseum eingerichtet. Im Sommerhalbjahr finden regelmäßig Turmbesteigungen statt, in denen man vom 41 Meter hoch gelegenen Rundgang die Stadt besichtigen kann."
Quellen:

• Joachim Freyer (Hrsg.): Kirchen des Landkreises Schönebeck. Calbe: Grafisches Centrum Cuno, 2004

• Stadt Schönebeck (Hrsg.): 775 Jahre Schönebeck an der Elbe. Schönebeck: Druckerei Schlüter, 1997

• Kreismuseum Schönebeck (Hrsg.): Baudenkmale im Kreis Schönebeck. Magdeburg: Druckerei Volksstimme Magdeburg, 1988
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